Yakın gelecekte, ani ve açıklanamayan bir deniz yükselmesi insan uygarlığının çoğunu su altında bırakmıştır. Birkaç yıl önce bir kazada annesini ve bacağını kaybeden Ikaruga Natsuki, büyük şehirdeki zorlu yaşamından hayal kırıklığına uğramış bir şekilde geri döndüğünde, eski kırsal evinin deniz tarafından yarıya kadar yutulduğunu görür. Ailesiz kalan çocuğun sahip olduğu tek şey, okyanus bilimci büyükannesinden kendisine kalan gemi ve denizaltı ile borçlarıdır. Kaybettiği gelecek hayallerini yeniden kurabilmek için tek umudu, şüpheli borç tahsildarı Catherine tarafından kendisine sunulan fırsatı değerlendirmektir. Söylentilere göre büyükannesinin orada bıraktığı hazineyi bulmak için büyükannesinin laboratuvarının batık kalıntılarını aramak üzere yelken açarlar. Ancak buldukları şey zenginlik ya da mücevher değildir; denizin dibinde bir tabutun içinde uyuyan tuhaf bir kızdır. Atri... Atri bir robottur, ancak görünüşü ve duygu zenginliği herkesi onun yaşayan, nefes alan bir insan olduğuna inandırabilir. Kurtarıldığı için minnettarlık duyarak Natsuki'ye bir açıklama yapar: ''Efendimin son emrini yerine getirmek istiyorum. Bunu yapana kadar, senin bacağın olacağım!'' Okyanus tarafından yavaşça sarılan küçük bir kasabada, bu çocuk ve bu gizemli robot kız için unutulmaz bir yaz başlamak üzeredir...