Bir trajedi yaşanmak üzereyken, Satoru Fujinuma kendini kaza gerçekleşmeden birkaç dakika önce geri gönderilmiş bulur. Bağımsız, 29 yaşındaki manga sanatçısı, ''Canlanma'' adını verdiği bu güçlü ama gizemli fenomenden yararlanarak birçok hayatı kurtarmıştır. Ancak, kendisine yakın birini öldürmekle haksız yere suçlandığında, Satoru bir kez daha geçmişe, ancak bu kez 1988'e, 18 yıl öncesine gönderilir. Çok geçmeden cinayetin, kendisi çocukken gerçekleşen, sınıf arkadaşlarından biri olan yalnız ve gizemli Kayo Hinazuki'nin kaçırılıp öldürülmesiyle bağlantılı olabileceğini fark eder. Boku dake ga Inai Machi, Satoru'nun 18 yıl önce gerçekte neler yaşandığını ortaya çıkarma ve sınıf arkadaşının ölümünü engelleme, aynı zamanda da şimdiki zamanda değer verdiği kişileri koruma görevini takip eder.