Dördüncü Shinobi Dünya Savaşı'nın başarıyla sona ermesinin ardından, Konohagakure barış, refah ve olağanüstü teknolojik ilerleme döneminin tadını çıkarmaktadır. Bunların hepsi Müttefik Shinobi Güçlerinin ve köyün Yedinci Hokage'si Naruto Uzumaki'nin çabaları sayesinde olmuştur. Artık modern bir metropolü andıran Konohagakure, özellikle de bir şinobinin hayatı değişmiştir. Naruto ve eski yoldaşlarının dikkatli gözleri altında, yeni nesil bir şinobi ninja yollarını öğrenmek için adım attı. Boruto Uzumaki, Yedinci Hokage'nin oğlu olarak genellikle ilgi odağıdır. Naruto'nun huysuz ve inatçı tavrını miras almış olmasına rağmen, Boruto bir dahi olarak kabul edilir ve destekleyici arkadaşları ve ailesinin yardımıyla potansiyelini ortaya çıkarabilir. Ne yazık ki bu durum onun kibrini ve Naruto'yu geçme arzusunu daha da kötüleştirmiş, babasının yoğun yaşam tarzıyla birlikte aralarındaki ilişkiyi germiştir. Ancak, köyün içinde gelişen kötücül bir güç Boruto'nun kaygısız hayatını tehdit edebilir. Yeni bir hikaye başlarken Boruto'ya yeni arkadaşlar ve tanıdık yüzler katılıyor.