Mars kolonisi Dördüncü Tokyo'da, Kirishina Corporation'ın havacılık ve uzay gelişimine öncülük eden en parlak beyinlerinden oluşan bir sınıf bulunmaktadır: Dahi mühendis Kaito Sera tarafından yönetilen A-TEC, en yeni üyelerinin gelişini heyecanla beklemektedir. Ancak kısa süre sonra, transfer edilen öğrencinin pek de sıradan olmadığı anlaşılır - A-TEC'in yeni atanan şefi ve şirketin CEO'sunun küçük kardeşi Nagisa Kiryuu, programı kapatmak üzere gönderilir. Sınıfı canlı tutmak için Kaito ve öğrencileri umutsuzca en güçlü roketleri X-2'nin halefini geliştirmek için çalışırlar; bu arada Nagisa kendi misyonunun peşinde şirket basamaklarını tırmanmaktadır. Buna rağmen, ayrı ayrı verdikleri savaşlar Kirishina Corporation'da göründüğünden çok daha fazlasının döndüğünü ortaya çıkarır. Classroom☆Crisis, Kaito ve Nagisa'nın yanı sıra Kaito'nun küçük kız kardeşi Mizuki ve A-TEC'in test pilotu Iris Shirasaki'yi entrika, politik savaş ve her şeye rağmen romantizm dolu bir hikayede takip ediyor. Nagisa ve A-TEC, Kirishina Corporation'ın komplolarına giderek daha fazla sürüklenirken, sınıf krizlerini önlemek için savaşırken arkadaşlıklar gelişir ve geçmişleri ortaya çıkar.