Suç zamansızdır. 2071 yılına gelindiğinde insanlık galaksinin dört bir yanına yayılmış, diğer gezegenlerin yüzeyini Dünya'dakine benzer yerleşimlerle doldurmuştur. Bu yeni toplumlar cinayet, uyuşturucu kullanımı ve hırsızlıkla boğuşuyor ve galaksiler arası kanun kaçakları, sayıları giderek artan zorlu ödül avcıları tarafından avlanıyor. Spike Spiegel ve Jet Black, mütevazı bir yaşam sürmek için uzayda suçluların peşine düşer. Şapşal ve soğuk tavrının altında, Spike şiddet dolu geçmişinin ağırlığı altında ezilmektedir. Bu arada Jet, Spike ve gemileri Bebop'la ilgilenirken kendi sorunlu anılarını da yönetmektedir. İkiliye güzel dolandırıcı Faye Valentine, tuhaf çocuk Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV ve biyomühendislik ürünü Gal Corgi Ein katılır. Aralarındaki bağları geliştirip renkli suçluları yakalamaya çalışırken, Bebop ekibinin hayatı Spike'ın geçmişinden gelen bir tehditle altüst olur. Bir rakibin manyakça planı çözülmeye devam ederken, Spike yeni bulduğu ailesiyle yaşamak ya da eski yaralarının intikamını almak arasında bir seçim yapmak zorundadır.