Kötü yaşam tarzı seçimleri nedeniyle, belirli bir insanın vücudu sürekli kargaşa içindedir. Mikroplar, bakteriler ve yabancı maddelerin bolluğu nedeniyle çeşitli hücrelerin işleri giderek zorlaşır ve tehlikeli hale gelir. Bu kaotik ortamda olgunlaşan talihsizlerden bazıları olan Sekkekkyuu AA2153 ve Hakkekkyuu U-1196, birçok hücre arkadaşının görev sırasında hayatını kaybettiğini görmek anlamına gelse bile görevlerini yerine getirmek için çabalar. Ana hikayesinden çok farklı bir ortamda geçen Hataraku Saibou Black, hücrelerin vücudun sağlığını korumaya çalışırken verdikleri mücadeleyi anlatıyor. Ancak, insanın durumu kötüleşmeye devam ediyor ve bu çabaların somut bir anlam ifade edip etmeyeceği hücrelere bağlı!