Çocukluk arkadaşları Kafka Hibino ve Mina Ashiro, memleketlerinin yok edilmesinden sonra, Japonya'yı ''kaijuu'' olarak bilinen devasa canavarlardan korumakla görevli askeri bir örgüt olan Savunma Gücü'nde subay olmak için bir anlaşma yaparlar. Yıllar sonra, 32 yaşındaki Kafka kahramanlık hayallerinden vazgeçmiştir. Bunun yerine, ortak hedeflerine başarıyla ulaşan Mina da dahil olmak üzere cesur askerler tarafından yenildikten sonra katledilen kaijuu kalıntılarını temizlemektedir. Yeni iş arkadaşı Reno Ichikawa ile tanışan Kafka, geçmişteki halinin bir aynasıyla karşılaşır: tek arzusu Savunma Gücü'nün bir üyesi olarak savaşmak olan hırslı bir genç adam. Ne yazık ki, ikili kısa süre sonra haydut bir kaijuu ile garip bir karşılaşmaya dahil olur. Kafka doğuştan gelen kahramanlığını gösterip Reno'yu kesin bir sondan kurtarsa da, ağır yaralanır. Her iki adam da hastanede iyileşirken, Kafka görünüşe göre canavarlardan biri tarafından saldırıya uğrar. Sonuç olarak, Japonya'yı tehdit eden devasa canavarların güç ve kuvvetine sahip insansı bir kaijuuya dönüşme yeteneği kazanır. Ordu tarafından ''Kaijuu No. 8'' olarak adlandırılan Kafka, yeni keşfettiği yeteneklerini daha büyük bir iyilik için kullanmaya karar verir. Karşılıklı saygıyla birbirlerine bağlı olan Kafka ve Reno, Savunma Gücü'nün ön saflarında Mina gibi savaşçılara katılmak üzere yola çıkar.