Her şey Astronomi Kulübü üyelerinden birinin ölümüyle başladı. Bu olaydan sonra kulüpte hayalet olduğu söylentisi ortaya çıktı. Huysuz ve insomnia hastalığı olan Ganta Nakami, Astronomi Kulübü'nün terk edilmiş gözlemevinde biraz isyankâr ama uyumlu da olan Isaki Magari'ye rastlar. Magari sarsılarak uyanıp olay yerinden kaçmaya çalışır fakat kırık kapı ona engel olur, ikisi içeri girmek zorunda kalır. İkili beklenmedik bir dostluk kurar ve gözlemevini buluşabilecekleri güvenli bir alan olarak kullanmaya başlarlar. Kimi wa Houkago Insomnia, uykusuzluk çeken Nakami ile Magari'nin yıldızların aydınlattığı gözlemevinde birbirlerine uykusuzlukla başa çıkmalarında yardımcı olmalarını ve bunun öğrenci hayatı üzerindeki kalıcı etkilerini konu alıyor.