Katsuhira Agata, acı duygusu neredeyse tamamen yok olmuş, sessiz ve içine kapanık bir gençtir. Arkadaşı Chidori Takashiro, Katsuhira'nın bu derin değişimi geçirmeden önceki günlerini sadece hayal meyal hatırlayabilmektedir. Şimdi ise Katsuhira'nın boğuk ve kayıtsız tavırları, onu korkunç miktarlarda para karşılığında sömüren zorbaların sürekli hedefi haline gelmiştir. Ancak yumrukları Katsuhira'nın sadece gözlerini kırpmasını sağlayabiliyor, çünkü duygular bile onun kavrayışından uzak. Ancak bir gün Katsuhira, Chidori ve diğer dört genç kaçırılır ve resmi ''Kiznaivers'' olarak Kizuna Sistemine katılmaya zorlanır. Katılanlar acı yoluyla birbirlerine bağlanır: bir üye yaralanırsa, diğerleri de eşit miktarda acı çekecektir. Bu bireyler, dünya barışı düşünülerek tasarlanmış tamamlanmamış bir sistemin kobayları ve günah keçileri olmak zorundadır. Kaderleri kelimenin tam anlamıyla iç içe geçmiş olan Kiznaiver'lar gerçek benliklerini birbirlerine göstermeli ya da Kizuna Sistemi'nden çok daha fazlasını kaybetme riskiyle karşı karşıya kalmalıdır.