Tres Magia olarak bilinen üç sihirli kızdan oluşan bir ekip, Utena Hiiragi'nin yaşadığı kasabayı korumaktadır. Diğer pek çok kişi gibi Utena da adalet adına cesurca savaşan bu sihirli kızları çok sevmektedir. Bir gün, gizemli siyah bir maskot karakter Utena'nın önünde belirir ve ona hayatının fırsatını verir: sihirli bir kıza dönüşme şansı. Ancak teklif göründüğü gibi değildir, çünkü Utena her zaman hayranı olduğu sihirli kızlarla savaşmak üzere kötü bir örgüt için işe alınmıştır. Utena daha sonra Tres Magia ile savaşta yüzleşmek zorunda kalır; ancak pişmanlık duymak yerine, beklenmedik bir şekilde sihirli kızlara acı çektirmekten zevk alır. Arzularına tamamen teslim olan Utena, kötü adam rolünü benimser ve sihirli kızlara olan hayranlığını yavaş yavaş yeni bir sadist saplantıya dönüştürür.