İkinci Çarpışma olarak bilinen dehşet verici olaydan on beş yıl sonra dünya yeni bir tehditle karşı karşıyadır: Melekler adı verilen korkunç göksel varlıklar Tokyo-3'ü birer birer istila eder. İnsanoğlu, en gelişmiş mühimmatlarını ve askeri taktiklerini kullanmasına rağmen Meleklere karşı kendini savunamaz. İnsanlığın kurtuluşu için tek umut, soğuk Gendou Ikari tarafından yönetilen gizemli bir organizasyon olan NERV'in elindedir. NERV, Meleklerle savaşmak için ''Evangelion'' adı verilen dev insansı robotları, son teknoloji ürünü gelişmiş silahlar ve Mutlak Dehşet Alanları olarak bilinen koruyucu bariyerlerle çalıştırmaktadır. Babası tarafından terk edildikten yıllar sonra, Gendou'nun 14 yaşındaki oğlu Shinji Ikari Tokyo-3'e geri döner. Shinji, annesinin kaybından ve babasının ellerinde yaşadığı duygusal ihmalden kaynaklanan derinlere gömülü travmaya karşı sürekli bir iç savaş yaşamaktadır. Kendini bir başkasına açmaktan korkan Shinji'nin hayatı, ona daha önce hiç deneyimlemediği özgür ruhlu bir anne şefkati gösteren yüksek rütbeli bir NERV subayı olan 29 yaşındaki Misato Katsuragi ile tanışmasıyla sonsuza dek değişir. Yıkıcı bir Melek saldırısı Shinji'yi harekete geçmeye zorlarken, Gendou oğlunu Tokyo-3'e geri çağırmasının gerçek nedenini açıklar: Shinji, biyometrik özellikleriyle senkronize olan yeni bir robot olan Evangelion Birim-01'i verimli bir şekilde kullanabilen tek çocuktur. Bir Evangelion'a pilotluk yapmanın getirdiği acımasız psikolojik travmaya rağmen Shinji, babasının karanlık entrikalarından habersiz, Tokyo-3'ü melek tehdidine karşı savunur.