Sessiz ve huzurlu bir günde gökyüzü yarılır ve Bilinmeyen olarak adlandırılan boyut dışı varlıklar insanlığa karşı hızlı ve acımasız bir saldırı başlatır. Ülkenin geleceğini korumak için, Japonya'nın tüm çocukları savaşın sonuna kadar kriyojenik olarak dondurularak tehlikeden uzak tutulur. Aradan birkaç yıl geçer ve insanlık Japonya'nın artık savaşın ön cephesi olarak hizmet veren bir köşesinde kendine bir yer edinir. Artık insanlığın yok olmasıyla karşı karşıya olmayan çocuklar uykularından uyandırılır. Daha sonra, kriyojenezdeyken çocukların her birine özgü doğaüstü güçler olan Dünyalar geliştirdikleri keşfedilir. En güçlü altı çocuğa geri alınan şehirlerin komutası verilir ve güçlerini kullanarak kaleleri devam eden istilaya karşı savunurlar. Çocukluk arkadaşları Ichiya Suzaku ve Canaria Utara Tokyo'yu, Kasumi ve Asuha Chigusa kardeşler Chiba'yı, Maihime Tenkawa ve Hotaru Rindou ise Kanagawa'yı yönetmektedir. Zamanla, Bilinmeyen'den gelen neredeyse rutin saldırılar ve şehir başkanları ile alt başkanlarının çatışan kişilikleri, üç şehir arasında sürekli tartışmalara yol açan küçük rekabetleri geliştirir. Bilinmeyen'in saldırılarının baskısını aniden artırmasıyla, üç şehrin liderleri birlikte nasıl çalışacaklarını öğrenmeli ya da insanlığın yok oluşuna karşı son savunma hattını kaybetme riskini almalıdır.