Rail Wars! Japon hükümetinin ülkenin demiryolu sistemlerinin kontrolünü elinde tuttuğu alternatif bir evrende geçiyor. Hükümetin liderliğinin sağladığı istikrar sayesinde demiryolu sisteminin gelişmesine izin veriliyor. Naoto Takayama, kendisine sağlayacağı rahat yaşam nedeniyle Japonya Ulusal Demiryolları'nda bir çalışan olmayı arzulamaktadır. Bunu başarmak için, öğrencilerin trenler hakkındaki bilgilerinin yanı sıra ortaya çıkabilecek her türlü zorluğa karşı hazır olma yeteneklerini göstermeleri gereken eğitim programına katılır. Bu süre zarfında atletik yetenekli Aoi Sakura, sürekli aç olan Sho Iwaizumi ve insan ansiklopedisi Haruka Komi gibi diğer öğrencilerle karşılaşacaktır. Birlikte, kapkaççılarla, bomba tehditleriyle ve demiryolu sistemini özelleştirmek isteyen aşırılık yanlısı ''RJ'' grubunun yaklaşan hayaletiyle mücadele ederken, stajyerlik dönemlerini atlatmaya çalışacaklardır.