19. yüzyılın sonlarında, Bakumatsu döneminin acımasız zamanları sona ererken, yeni Meiji dönemi Japonya için restorasyon çağını işaret ediyordu. Savaş sona erdiğinde, meşhur kahramanı Hitokiri Battousai, arkasında sadece efsanesini bırakarak sırra kadem bastı. Yıllar sonra, Kenshin Himura adında görünüşte sade bir gezgin, Tokyo'da mücadele eden yerel bir dojonun sahibi Kaoru Kamiya ile karşılaşır. Kaoru, sokaklarda dolaşarak vatandaşları ve polis memurlarını ayrım gözetmeksizin öldüren, kendini Battousai ilan etmiş bir savaşçının peşine düşer. Üstelik savaşçı, Kaoru'nun babası tarafından geliştirilen ve ölümün değil yaşamın özüne dayanan bir kılıç stili olan Kamiya Kasshin-ryu'yu kullandığını iddia etmektedir. Kenshin, Kaoru'nun sahtekârı alt etmesine ve babasının dojosunu yeniden kurmasına yardım etmeye karar verir. Herkesin bilmediği Kenshin, adı hâlâ insanları korkutan gerçek savaşçıdan başkası değildir. Kaoru sonunda gerçeği öğrense de, Kenshin'in zayıfları kansızca koruyarak ölümcül geçmişinin kefaretini ödemeye yemin etmesi onu etkiler ve Kenshin'in dojosunda kalmasını memnuniyetle karşılar. Ancak Kenshin'in idealleri çok geçmeden geçmişin hayaletleri ve günümüzün düşmanları tarafından sorgulanmaya başlar.