Türkiye'nin Ağrı Dağları'nın derinliklerinde, ARCAM olarak bilinen gizli bir örgüt, Nuh'un Gemisi olduğuna inanılan bir şey bulmuştur. Ancak Pentagon'a bağlı haydut bir örgüt olan ABD Makine Birliği, küresel üstünlük aracı olarak Nuh'un Gemisi'ni ele geçirmek istemektedir. Önlerinde sadece Spriggan olarak bilinen özel bir ARCAM ajanı durmaktadır. Japon Spriggan Yu Ominae, ölümcül psionik güçlere sahip genetik olarak geliştirilmiş bir çocuk olan Albay MacDougall liderliğindeki ABD Makine Birliği üyeleriyle savaşmak için Fransız Spriggan Jean-Jacques Mondo ile bir araya gelir. Ancak hızlı hareket etmeli ve MacDougall'ı, Ark'ı kendi amaçları için kullanmadan önce durdurmalıdırlar.