Çatışmalardan harap olmuş ülkeler, artık füzeler yerine gizli operatörler konuşlandırmaya başlamıştır. Lily de ajan eğitimine alınır, fakat el becerileri kesinlikle berbattır. Sınavı geçmek için çaresizce gizemli Tomoshibi ekibine katılmak için şansını dener, fakat maalesef bu ekip kendinden daha da ümit vadetmeyen casuslarla doludur. Birlikte tam bir dahi olan eğitmenlerini alt ederek İmkânsız Görevi başarmalılardır. Fakat bu sınıfın ardındaki gerçek amaç, hayal edemeyecekleri kadar üzücüdür...