Shinpei Ajiro, anne ve babasının ölümünden beri Kofune ailesi ve onların iki kızı -Mio ve Ushio- ile birlikte yaşamaktadır. Daha sonra Tokyo'da eğitimine devam etmek için adadan ayrılsa da Shinpei, Ushio'nun küçük bir kızı kurtarma girişimi sırasında trajik bir şekilde boğulmasının ardından geri döner. Cenaze töreni sırasında en yakın arkadaşı ona Ushio'nun boynunda bulunan ve ölüm nedeni konusunda şüphe uyandıran çürükler hakkında bilgi verir. Bir cinayet işlendiğinden şüphelenen Shinpei son olayları yeniden değerlendirir, ancak garip olaylar yaşanmaya devam eder. Kaybolan insanlar ve diğer açıklanamayan olaylar Mio'nun ''Gölgeler'' adı verilen ve tamamen hayal ürünü olmayabilecek varlıklara atıfta bulunan eski bir halk hikayesini hatırlamasına yol açar. Sözde, kişinin Gölgesi ile karşılaşması, yaklaşan ölümünü önceden haber vermektedir. Hitogashima Adası'nın karanlık tarafıyla yüzleşen Shinpei, Ushio'nun son vasiyetini yerine getirmek için acımasız kaderine karşı durur: Mio'yu korumak.