Naruto Uzumaki'nin daha güçlü olma arzusunu körükleyen olayların ardından yoğun bir eğitim için Gizli Yaprak Köyü Konohagakure'den ayrılmasının üzerinden iki buçuk yıl geçti. Şimdi, elit haydut ninjaların gizemli örgütü Akatsuki, tüm shinobi dünyasının güvenliğini tehdit edebilecek büyük planlarına yaklaşmaktadır. Naruto yaşlanmış ve uğursuz olaylar ufukta belirmiş olsa da, kişiliğinde pek bir değişiklik olmamıştır - hala haşarı ve çocuksu - ancak artık kendine çok daha fazla güvenmekte ve arkadaşlarını ve evini korumak için daha da büyük bir kararlılığa sahiptir. Ne olursa olsun, Naruto, Hokage olmak isteyen çocuk hakkındaki destanın devamında, kendi bedeni pahasına bile olsa, onun için önemli olan şey için savaşmaya devam edecektir.